Попробуйте сделать прогрев катера, перед тем как включаете кондиционер, потому что как раз из-за этого и может быть сильный звук. А когда идет прогрев, то уже всего этого не будет и начнет работать как и раньше в норме.
Идея хорошая, попытка может как раз все исправить. Потому что когда происходит сбой, то прогрев спасает все. После этого было бы не плохо выключить его на несколько минут, а потом снова включить и думаю проблема устранится.